巴东县林业技术推广站：从事林业生产实用技术的研究和推广。
    巴东县天然林保护工程办公室：开展天然林保护工程项目总体规划和年度作业设计，组织种苗生产和项目实施技术指导，对生产任务完成情况进行检查验收。
    巴东县退耕还林办公室：开展退耕还林工程项目总体规划和年度作业设计，组织种苗生产和项目实施技术指导，对生产任务完成情况进行检查验收。
    木材检查站的职责：依法对水、陆运木材、竹材、松香、野生动植物实施检查，坚持凭证（木材运输证、检疫证、野生动植物运输证）运输，验证放行，对违章运输者予以查处。
    护林防火指挥部办公室：承担同级护林防火指挥部办公室的日常工作。
    巴东县野生动植物保护站：宣传贯彻野生动植物保护方面的法律法规；负责全县野生动植物资源的调查和保护，查处有关危害野生动物的违法案件；负责全县森林病虫害的预测预报；进行森林植物检疫，积极组织防治森林病虫害。
    巴东县林政稽查大队：管理和查处各类林业行政案件，对基层查处林业行政案件和执法情况进行协助和监督。
    巴东县林木种子站：按造林计划、指导和扶持林农采集种子、培育苗木；开展林木良种选育工作，建立林木良种基地；引进和推广优良品种；搞好种子经营；组织交流种苗生产经验，推广、普及种苗科学技术，为林农服务。
    巴东县林业勘查设计队：林业基地建设勘察设计；林区公路、林道、河道、索道、材场、桥梁建设的设计，房屋建筑、园林建筑设计；森林采伐、中幼林间伐的勘察设计；森林建档，进行森林资源和其他林业资源清查；研究和提出采伐限额；进行立地类型、土壤肥力和林分生长量的研究；运用林业规划成果，对林业用地进行合理规划。
    巴东县林权登记管理中心：办理林权证初始、变更、登记和动态管理；建立林权资料、信息统计等电脑查询系统；林权档案收集、整理、管理及利用，档案库房建设和管理；提供林权档案材料查阅、抄录和复制服务。
    林业管理站：完成县林业局和所在乡镇人民政府安排的各项工作任务。
    国营巴山林场：培育和保护森林资源，提高生态效益；合理利用森林资源；推广应用科研成果，发挥骨干示范作用。